I. Développement des infections
I.1. Les Agents Infectieux
- Les bactéries : Petits organismes formés d’une seule cellule, ce sont les êtres vivants les plus nombreux sur notre planète. Seules 3 % des bactéries sont pathogènes pour l’homme (responsables des épidémies de Typhus, Peste, Tuberculose, Cholera, Syphilis).
Bactérie shigela (responsable d'infections intestinales) (http://raymond.rodriguez1.free.fr/Textes/212.htm)
- Les virus : Les plus petits des agents infectieux, ils sont uniquement visibles au microscope électronique. Les virus ne peuvent vivre qu’à l’intérieur d’une cellule, seul moyen pour y intégrer leur matériel génétique et s’y multiplier (responsables des épidémies de Grippe, Sida, SRAS, Ebola, Chikungunya, Fièvre jaune).
Virus tobacco mosaic, premier virus cristallisé en 1931 (http://biologypop.com/virus-a-small-infectious-agent/)
- Les parasites : Etres vivants microscopiques qui peuvent pénétrer dans l’organisme, ce ne sont ni des virus ni des bactéries, comme les protozoaires (responsables des épidémies de Paludisme) et les métazoaires.
Plasmodium falciparum (protozoaire responsable du paludisme) (http://beletteinafrica.over-blog.fr/article-12750901.html)
- Les champignons (mais ils ne sont pas responsables d'épidémie).
Tous les micro-organismes (germes) n’ont pas les mêmes capacités à provoquer des infections, certains étant pratiquement toujours associés à des manifestations cliniques (maladies), alors que d’autres ne provoquent qu’exceptionnellement des maladies.
Les agents infectieux peuvent avoir trois caractéristiques :
Les agents infectieux pathogènes obligatoires :
- Les micro-organismes qui ne font pas partie de notre flore normale et qui provoquent une infection. Leur identification est toujours pathologique, ce qui veut dire que leur présence provoque en règle générale des manifestations cliniques (exemple : le virus VIH, la bactérie du choléra). C'est le scénario qui prévaut dans le cas des épidémies.
- Les micro-organismes pouvant faire partie de notre flore normale, mais dont la présence dans certains sites ou localisations entraîne en règle générale des manifestations cliniques (exemple : la bactérie de la méningite à méningocoque, qui peut être retrouvée dans la gorge sans infection alors que sa présence dans le liquide céphalo-rachidien provoque toujours une méningite).
Les agents infectieux pathogènes occasionnels : ce sont de micro-organismes qui peuvent faire partie de notre flore normale sans entraîner de manifestations cliniques mais qui peuvent, dans certaines circonstances, être responsable de maladies (exemple : Staphylocoque épidermidis de la peau peut infecter occasionnellement une blessure).
Les agents infectieux opportunistes : ce sont des germes qui sont habituellement peu agressifs mais qui peuvent le devenir et provoquer des infections graves dans certaines circonstances, en particulier chez des sujets présentant une altération des défenses immunitaires.
I.2. Les modes de contamination
Ils se font essentiellement :
- Par contact : la contamination se fait par contact direct entre le sujet contaminé et le receveur :
- par la peau
- par les mains
- par la salive
- par voie sexuelle
- par voie verticale (voie mère-enfant durant la grossesse)
- Par voie aérienne : La contamination se fait par voie respiratoire en inhalant des microgouttelettes émises par le sujet contaminé lors d'éternuement ou de toux.
- L’usage de matériel d'injection réutilisé ou de matériel médical présentant un défaut de stérilisation (seringues, aiguilles, matériel chirurgical...etc.), les plaies souillées (tétanos). La contamination se fait par effraction de la barrière cutanée.
- Les objets souillés par un sujet contagieux (objets, vêtements, literie, poignées de porte...etc.). La contamination se fait par contact.
- L'eau et les aliments contaminés
Ce sont les facteurs d'épidémies les plus fréquents parmi celles transmises par des supports contaminés. Le mode de contamination se fait essentiellement par ingestion.
- La contamination de l'eau relève de défauts d'assainissement du réseau d'eau potable ou de la consommation d'eaux polluées (eaux stagnante, pollution par des excréments humains ou d'animaux, par des parasites...etc.). La transmission par l’eau peut également se faire par voie respiratoire par inhalation de gouttelettes d'eau contaminées par la Légionellose.
- La contamination des aliments peut intervenir lors de la fabrication, de la distribution, de la conservation, ou lors de la préparation des repas.
Mais la contamination humaine la plus redoutable se fait principalement par voie digestive avec :
- Des virus : gastro-entérites virales (plusieurs sortes de virus sont responsables de ces affections), l'hépatite A et la poliomyélite.
- Des bactéries : gastro-entérites aiguës plus ou moins graves, ce sont le choléra (Vibrio cholerae) ; le botulisme (Clostridium botulinum) ; les gastro-entérites à Campylobacter jejuni ; les salmonelloses (diverses Salmonella) ; l'intoxination staphylococcique (S. aureus) ; les gastroentérites à Escherichia coli entérotoxinogène (ETEC) ; la fièvre typhoïde (Salmonella typhi).
- Des parasites : La dysenterie amibienne est la maladie la plus répandue. Elle est provoquée à la suite de l'ingestion des kystes de l'amibe Entamoeba histolytica. Les trophozoïtes issus du kyste provoquent de graves ulcérations de l’intestin provoquant d'abord des diarrhées épuisantes. De là, le protozoaire peut gagner le foie, les poumons et même le cerveau en y installant des abcès. Les kystes sont évacués dans les selles...qui vont éventuellement contaminer l'eau (péril fécal).
Ce sont des intermédiaires entre une espèce (réservoir) et un hôte qui va être infecté.
Ce mode de transmission est particulièrement favorable au développement d'endémies ou d'épidémies.
Les insectes (moustiques, poux, puces, punaises) et les acariens (tiques) sont les principaux vecteurs susceptibles de transmettre de nombreuses maladies infectieuses :
- Virus (chikungunya, fièvre jaune, dengue, etc.).
- Bactéries (maladie de Lyme, peste, etc.).
- Parasites (paludisme, maladie du sommeil, leishmanioses, filarioses, etc.).
Ces maladies sévissent principalement en milieu tropical, dans la zone géographique où vivent le réservoir et le vecteur. Elles sont dominées par le problème du paludisme (près de 1 million de morts par an en Afrique tropicale).
Quelques exemples détaillés de vecteurs et des maladies qu’ils transmettent :
- Les moustiques : Il existe différentes espèces de moustiques (Anophèles, Aèdes, Culex) dont l'habitat préférentiel, les horaires et le type de piqûre sont complètement différents. Les larves qui donneront les adultes se développent dans les points d'eau stagnante (récipients, réservoirs, mares, étangs, etc.).
Ils transmettent dans des conditions spécifiques d'espèce, de climat et d'habitat certaines maladies : le paludisme (Anophèles), le chikungunya, la dengue (Aèdes), la fièvre jaune, l'encéphalite japonaise, les filarioses lymphatiques.
Aedes (moustique vecteur du Chikungunya) (http://france3-regions.francetvinfo.fr/corse/2013/05/01/corse-la-chasse-au-moustique-tigre-reprend-244007.html)
- Les mouches, moucherons : Les chrysopes (taons) sont le vecteur de la loase (filariose). Les simulies (moucherons) transmettent l'onchocercose. Certaines glossines (mouche tsé-tsé) transmettent la trypanosomiase africaine (maladie du sommeil). Certains phlébotomes (moucherons) transmettent la leishmaniose.
- Les punaises : Les triatomes ou réduves (punaises) transmettent sur le continent sud-américain la maladie de Chagas (trypanosomiase américaine). Elles vivent dans les murs de maisons humides et ne sont actives que la nuit.
- Les poux, puces : Les poux transmettent différentes infections bactériennes : bartonelloses (fièvre des tranchées), borrélioses (fièvres récurrentes), certaines rickettsioses (typhus). Les puces du rat sont le vecteur de la peste.
- Les tiques : Les tiques comprennent de nombreuses espèces ayant pour chacune d'entre elles un habitat relativement spécifique. Elles sont le vecteur de nombreuses maladies : maladie de Lyme, méningo-encéphalite à tiques, fièvre hémorragique de Crimée-Congo, fièvre récurrente à tiques, fièvre Q, fièvres boutonneuses à tiques, babésiose, ehrlichioses, tularémie.
Les morsures de tiques résultent d'un contact dans les herbages. Ce risque est en général circonscrit dans des régions bien délimitées.
Le risque d'infection est faible si elles sont enlevées rapidement. Le réchauffement climatique a un impact significatif sur la prolifération des tiques à travers le monde.
Tique Ixodes (tique vecteur de la maladie le Lyme) (http://www.atouthomme.com/maladie-de-lyme-quest-ce-que-cest.html)
I.3. Le Processus Infectieux
Le processus infectieux passe par deux étapes, la colonisation d'abord, puis l'infection proprement dite. L'homme possède une série de mécanismes de défense dont les principaux sont les barrières anatomiques (peau et muqueuse), l'immunité naturelle (cellules sanguines, anticorps) et la flore normale.
L'homme est colonisé par une flore très large et diversifiée appelée flore normale. Il existe, entre la flore normale et l’homme, un équilibre qui peut être rompu dans des circonstances particulières. Cette rupture d'équilibre permet la colonisation par de nouveaux germes.
Ce risque de colonisation va dépendre :
- de l'état du sujet, qui peut être altéré par différents mécanismes dont les principaux sont :
- l’altération de la peau ou des muqueuses.
- la modification ou la destruction de la flore normale.
- la modification ou la diminution des défenses immunitaires.
- de la densité microbienne dans l'environnement du sujet : en présence d'un environnement fortement colonisé par certains germes, le risque d'acquisition de ces germes augmente. Le sujet va donc se faire coloniser par des germes qui habituellement n’appartiennent pas à sa flore. Dans une grande majorité des cas, il va se recréer un nouvel équilibre.
Dans certains cas, l’équilibre entre les germes et l’homme ne se crée pas, et le sujet développe une infection, accompagnée par une réponse inflammatoire.
L'organisme va répondre en trois phases :
- Phase 1 : la première réponse de l’organisme à l’entrée d’un agent infectieux est toujours non spécifique, c’est-à-dire que cette réponse se déroule toujours de la même matière quel que soit l’agent infectieux. L’envahisseur se voit d’abord opposer les barrières naturelles de l’organisme (peau, muqueuses) ainsi que ses barrières chimiques (protéines enzymatiques du foie, lysozyme, interférons).
- Phase 2 : si l’agent infectieux parvient à franchir les premières barrières naturelles, il doit alors affronter une deuxième vague de défenses innées toujours non spécifiques : les "défenses inflammatoires", constituées par la mobilisation de certains globules blancs (les phagocytes : globules neutrophiles puis macrophages) destructeurs d’agents infectieux et la mise en jeu d’autres cellules de la défense innée (cellules NK : Natural Killer).
- Phase 3 : si l’infection n’est toujours pas jugulée après la réponse inflammatoire, une réponse adaptée à l’agent infectieux, apparaît : ce sont les "défenses acquises" ou " réponses immunitaires ". Après l’intervention des globules blancs neutrophiles, les macrophages continuent à ingérer les agents infectieux et à évacuer leurs antigènes susceptibles de déclencher une réponse immunitaire spécifique. Les réponses acquises sont spécifiques et douées de mémoire.
Le risque d'infection va donc dépendre de plusieurs facteurs :
- du type de micro-organismes introduits
- du nombre de germes introduits
- de la virulence du germe
- des mécanismes de défense du sujet
La période qui se situe entre le moment de l’infection (moment où le germe pénètre dans l’organisme) et le moment de l’apparition de signes cliniques d’infection se nomme la période d’incubation. Elle est très variable d’un germe à l’autre.
Pour un même germe, cette période d’incubation va également dépendre de facteurs liés à l’hôte (immunité).
C’est le laps de temps qui s’écoule entre le moment de l’infection et le moment où l’agent infectieux devient transmissible à un autre individu.
La période durant laquelle l’agent infectieux est transmissible d’une personne à l’autre se nomme période de contagiosité.
C'est le temps pendant lequel le sujet va présenter les symptômes caractéristiques de la maladie. Cette période sera suivie dans les cas favorables d'une guérison, ou au contraire de complications pouvant entrainer la mort. La présence d’une infection implique l’apparition de signes locaux (signes inflammatoires tels que rougeur chaleur et douleur, ganglions) et /ou des signes généraux (fièvre, frissons chute de la pression sanguine).
L'infection peut se généraliser et conduire à une septicémie, c'est-à-dire à un envahissement, par voie veineuse, des germes dans tout l'organisme. Les septicémies s'accompagnent de signes généraux graves.
Les grandes endémies et les épidémies sont en général la résultante de l'action de germes virulents et de modes de transmission simples, sur des populations d'individus fragilisés par leurs conditions d'existence (pauvreté, manque d'hygiène, de nourriture, absence d'infrastructure sanitaire....)